Решение о создании компании было одобрено Советом директором ОАО «Российские железные дороги» 8 октября 2004 года, а уже в январе 2005 года ЗАО «Русская тройка» получила лицензию на осуществление перевозок грузов железнодорожным транспортом.
В день двухлетия «Русской тройки» из Находки отправлены 80-й контейнерный поезд линейного сервиса «Находка-Таганрог» и 30-й поезд линейного сервиса «Находка - Москва». Всего компанией перевезено 54 179 ДФЭ.
За два года работы уплачено тарифа в пользу ОАО «Российские железные дороги» 0,8 млрд. руб., в том числе 0,5 млрд. руб. за счет дополнительно переключенного на российскую инфраструктуру грузопотока. Доходы компании за прошедший период составили 1,084 млрд. руб.